下記のHPに公開されている通り、第六世代税理士用電子証明書で署名した電子申告データを送信すると、「登録されている電子証明書と異なる」、「電子証明書が未登録」などのエラーが発生し、e-Taxや日本税理士会連合会にお問い合わせが多く発生している状況です。 
 

関連HP：
【税理士の方へ】「第六世代税理士用電子証明書」のご利用に当たって| 【e-Tax】国税電子申告・納税システム(イータックス) 
 

日本税理士会連合会の第六世代税理士用電子証明書のご利用に当たり、e-Taxの利用者識別番号やeLTAXの利用者IDに対して使用する電子証明書を登録する必要があります。
すでに第五世代税理士用電子証明書を登録されている場合は、第六世代税理士用電子証明書に変更が必要です。
電子証明書が未登録の場合や、登録されている電子証明書と異なる電子証明書を使用した場合にはエラーが受信通知に表示されますのでご注意ください。
なお、MJSシステムを使用して電子証明書を更新する方法については、「よくあるお問い合わせ（FAQ番号：12530）」をご覧ください。