給与の支払者は、年末調整で算出された1年間に納めるべき所得税及び復興特別所得税の額（「年調年税額」）の計算が終了した後、1年間に源泉徴収をした所得税等の合計額と年調年税額とを比べて過不足額の精算をすることになる。まず、過納額については、給与の支払者は、源泉徴収をした所得税等の合計額が年調年税額よりも多い場合には、その差額の税額を役員または使用人の各人ごとに還付する。

その方法は、(1)年末調整を行った月分（通常は12月分、納期の特例を受けている場合には、その年7月から12月までの分）として納付する「給与、退職所得及び弁護士、司法書士、税理士等に支払われた報酬・料金に対する源泉徴収税額」のうちから差し引き、過納となった人に還付。(2)年末調整を行った月分の徴収税額だけでは還付しきれないときは、その後に納付する上記の「報酬・料金に対する源泉徴収税額」から差し引き順次還付する。

ただし、イ．解散、廃業などで給与の支払者でなくなり、還付できなくなった、ロ．徴収して納付する税額がなくなり、過納額の還付ができなくなった、ハ．納付する源泉徴収税額に比べて過納額が多額なため、還付することとなった日の翌月から2ヵ月を経過しても還付しきれないと見込まれる場合には、「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書兼残存過納額明細書」を作成し、所轄税務署長に提出して還付を受ける。

上記の「過納額の還付」の(2)のイ．からハ．までのいずれかに該当する場合には、「源泉所得税及び復興特別所得税の年末調整過納額還付請求書兼残存過納額明細書」を作成し、(1)受給者各人の「源泉徴収簿」の写し、(2)過納額の請求及び受領に関する委任状（連記式）、(3)過納額を翌年に繰り越して還付しているときは、翌年分の「源泉徴収簿」の写し、の書類を添付して、給与の支払者の所轄税務署長に提出する必要がある。

次に、給与の支払者は、源泉徴収をした所得税等の合計額が年調年税額よりも少ない場合には、その差額の税額を年末調整する月分の給与から徴収し、なお不足額が残る時は、その後に支払う給与から順次徴収する。年末調整する月分の給与から不足額を徴収すると、その月の税引手取給与が、その年1月から年末調整を行った月の前月までの税引手取給与の平均月額の70％未満となる場合は、「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」を作成する。

この申請書を、その年最後に給与等の支払を受ける日の前日までに、給与の支払者の所轄税務署長に提出し、その承認を受けて、不足額を翌年1月と2月に繰り延べて徴収することができる。年末調整をする月分の給与（賞与）に対する通常の税額については、徴収繰延べは認められないから、徴収繰延べを受けようとする人については、年末調整をする月分の給与（賞与）についても通常の税額計算をし、算出税額を徴収することになる。

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