法人の使用人が他の法人に出向した場合に、その出向者の給与を従来どおり出向元の法人が支給することとしているため、出向先の法人が自己の負担すべき給与（退職給与を除く）に相当する金額を出向元の法人に給与負担金として支出したときは、出向先の法人のその出向者に対する給与として取り扱われる。この場合の給与負担金の取扱いは、出向者が出向先の法人において使用人となっているか、役員になっているかにより異なる。

具体的には、出向者が出向先の法人において使用人である場合には、その給与負担金の額は、原則として、出向先の法人における使用人に対する給与として、損金の額に算入される。また、出向者が出向先の法人において役員となっている場合、役員報酬は、会社が役員の職務執行の対価として利益の有無に関係なく支払うもので、いわば会社運営のための経費だから、税法も不相当に高額な部分の金額を除いて損金の額に算入することとしている。

その役員に係る給与負担金については、(1)その役員に対する給与として出向先の法人の株主総会等の決議がされている、(2)出向契約等においてその出向者に係る出向期間及び給与負担金の額があらかじめ定められている、のいずれにも該当する場合は、出向先の法人が支出するその役員に係る給与負担金の支出を出向先の法人におけるその役員に対する給与の支給として、法人税法《役員給与の損金不算入》の規定が適用されることになる。

このため、この取扱いの適用を受ける給与負担金について、事前確定届出給与の規定の適用を受ける場合には、出向先の法人がその納税地の所轄税務署長にその出向契約等に基づき支出する給与負担金に係る定めの内容に関する届出を行うこととなる。なお、出向先の法人が、出向元の法人がその出向者に支給する給与の額を超える給与負担金を支出している場合には、その超える部分の金額については給与負担金としての性格はないこととなる。

したがって、そのことについて合理的な理由がない場合には、出向元の法人に対する寄附金として取り扱われることになるので注意が必要となる。

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