事業を行っているにもかかわらず申告をしていない法人を放置しておくことは、納税者の公平感を著しく損なうものであることから、国税庁では、こうした稼働無申告法人に対する調査に重点的に取り組んでいる。今年6月までの1年間（2017事務年度）においては、事業を行っていると見込まれる無申告法人2593件（前年対比1.1％減）に対し実地調査を実施し、法人税50億1700万円（同21.9％減）を追徴課税した。

また、消費税については1989件（前年対比0.1％増）を実地調査した結果、消費税58億8900万円（同17.3％増）を追徴課税。法人税と合わせると109億600万円（同4.7％減）を追徴課税している。このうち、稼働している実態を隠し、意図的に無申告であった法人税435件（同19.8％増）及び消費税302件（同23.8％増）の法人に対し、法人税27億700万円（同2.6％減）、消費税15億7900万円（同5.7％増）を追徴課税した。

稼働無申告事案では、多額の利益を認識していたが、意図的に無申告だったＡ社に対し、稼働無申告であることを把握し、調査を実施して実態を解明した例がある。Ａ社は、競売物件や立退き交渉が必要な不動産の売買を行う法人だが、取引先法人Ｂに対する調査において、Ａ社に対する支払いを把握したため、実態を確認したところ、無申告だったことから調査が行われた。

その結果、Ａ社は、土地の売買により多額の利益が生じており申告が必要なことを十分に認識しながら、作成していた売上に係る書類を破棄し、申告せずにその取引によって得た利益を関連法人の運転資金として流用していたことが判明した。Ａ社に対しては、法人税1年分の申告漏れ所得金額2億7100万円について追徴税額9600万円（加算税込み、重加算税あり）、及び消費税1年分について追徴税額800万円（同）がそれぞれ課されている。

一方、申告はしているものの赤字としていた無所得申告法人3万1千件を実地調査した結果、うち約7割に当たる2万2千件から2458億円の申告漏れ所得金額を把握し272億円を追徴課税した。また、調査した26.6％に当たる8千件が不正を働いており、その不正所得金額は1229億円、追徴税額57億円となるとともに、5割の4千件は実は黒字法人で、実地調査件数全体の13.8％（有所得転換割合）が黒字法人だったことが判明している。

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