通勤手当は、所得税法上、月額15万円までは非課税とされている。それは、電車やバスなど公共交通機関を利用して通勤している場合、通勤のための運賃・時間・距離などから判断して、「最も経済的かつ合理的と認められる通勤の経路及び方法」に該当する場合に限られる。「経済的」とは最も安いルート、「合理的」とは最も速いルートをいうが、スピード面から合理的であれば「高い」ルート分の定期代を支給したとしても、問題はない。

最近は新幹線の速度が速くなり、遠隔地の出張も日帰りが当たり前となり、都市圏から結構離れている地域も通勤範囲内となっているようだ。所得税基本通達では、「最も経済的かつ合理的と認められる通勤の経路及び方法」には新幹線を利用した場合の運賃等の額も含まれると規定している。つまり、通勤距離や時間から考えて明らかに新幹線のほうが合理的であれば、支給された新幹線定期代は非課税となる。

また、少しでも疲れを軽減するために、役員の通勤や出張にグリーン車の利用を認め、グリーン乗車券（定期券）を支給する企業も増えているようだ。しかし、こうしたグリーン乗車通勤については、上記の基本通達は「特別車両料金等」は含まれないことに留意すると明記している。たとえ通勤費用がグリーン乗車券を含め月額15万円未満であっても、グリーン券代やグリーン定期代と一般定期代との差額は給与として課税される。

ただし、グリーン車への乗車券を会社が負担したとしても、使用人も含めて、相当な理由がある場合は非課税となるケースもありうる。例えば、老齢や病気、身体に障害があるなどで、混雑した電車での通勤が難しいと認められるような事情がある場合などが該当しよう。出張旅費についてグリーン乗車券を支給した場合でも、社内規程や他社との比較において合理的かつ相当と認められれば、非課税扱いとなる可能性もある。

一方、消費税の取扱いについては、通勤手当に関し、通常必要と認められる部分の金額について課税仕入となる旨の規定があるが、その範囲については具体的に定められているわけではない。したがって、所得税法上は給与課税の対象となるグリーン乗車券も、原則課税仕入れとすることが認められている。出張旅費についても、所得税のこの取扱いが準用され、給与所得とされたグリーン乗車券も同様に課税仕入れとされる。

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